Ni vyema kujenga uelewa wa vyanzo vya virutubisho vinavyoweza kutumika katika kilimo hai. Uelewa wa maisha ya mimea husaidia kwa kiasi kikubwa kwa hatua ya kuchukua kuilisha mimea hiyo. Kuna mwingiliano kati ya uzalishaji wa mimea na mifugo na unachangia katika kurutubisha udongo. Mabaki ya mazao hulisha wanyama na samadi ya wanyama hurutubisha udongo. Pia, mifugo hao, kama madume, wanaweza kutumika kutoa nguvu kazi kwa ufanisi zaidi.
Mboji
Mboji hasa inayotengenezwa kwa kutumia kinyesi cha wanyama, inaweza kuwa chanzo kizuri cha viumbe wadogo kwenye udongo na virutubisho vyenye gharama ndogo. Unapotumia mboji, changamoto kubwa ni kuhakikisha kuwa imeoza vizuri na namna ya kuitumia kwa usahihi.
Endapo mchanganyiko uliotumika kutengeneza mboji hiyo ulikuwa na ubora wa chini, basi mboji hiyo nayo itakuwa na ubora mdogo sana. Itakuwa vizuri kama wakulima hawataacha mboji ikapigwa na jua au mvua, kwa kuwa hali hii inaweza kusababisha kupotea kwa virutubisho kwenye mboji.
Kinyesi cha mifugo huboresha mboji zaidi. Utafiti wa hivi karibuni unaonesha kuwa kiasi cha 15% ya virutubisho vinavyopatikana kwenye mboji hutumika shambani kwa mwaka wa kwanza.
Hivyo, matumizi ya mara kwa mara ya mboji yanapendekezwa ili kuweza kuongeza nitrojeni na malighafi zinazo oza kwenye udongo.
Samadi
Samadi inayotokana na wanyama waliokomaa inaweza kuwa na uwiano mzuri wa virutubisho vya nitrojeni na aina nyingine kwa kiasi kidogo. Tatizo moja la samadi ni upatikanaji pamoja na kutokuwa na ubora unaofanana wakati wote. Kiasi kikubwa cha samadi inayotumika kwenye shamba la mboga, huozeshwa kabla ya kutumika, jambo linalosaidia kupunguza madhara kwenye vyakula.
Mwingiliano huu wa mimea na mifugo unafanya kilimo mseto kuwa wenye manufaa kwa kilimo hai.